1.使用前經過清潔細菌，培養皿清潔與否對工作影響較大，可影響培養基的酸堿度，若有某些化學藥品的存在，會抑制細菌生長。
2.新購的培養皿應先用熱水沖洗，再置于質量分數為1%或2%的鹽酸溶液中浸泡數小時，使游離堿性物質除去，再用蒸餾水沖洗2次。
3.若要培養細菌，再用高壓蒸氣(一般6.8*10的5次方Pa高壓蒸氣)，120℃的溫度下30min細菌，置室溫中干燥，或用干熱細菌，就是將培養皿置于烘箱內，溫度控制在120℃左右的情況下維持2h，即可殺死細菌的胞牙。
4.經過細菌的培養皿才能接種培養使用。
5.平版培養時為何把培養皿倒置：
培養時培養皿中會產生較多的水蒸氣，水蒸氣在皿蓋上凝結會產生水滴，如果培養皿正置，水滴滴下會將菌落沖散，這樣的話一個大菌落可能會分散開成為很多小菌落，對細菌的培養和計數都造成很大的麻煩。如果導致的話，培養基在上，皿蓋在下，水滴滴下不會滴到菌落上。
細菌培養皿的清潔
1.浸泡
新的或用過的玻璃器皿要先用清水浸泡，軟化和溶解附著物。新玻璃器皿使用前得先用自來水簡單刷洗，然后用5%鹽酸浸泡過夜;用過的玻璃器皿往往附有大量蛋白質和油脂，干涸后不易刷洗掉，故用后應立即浸入清水中備刷洗。
2.刷洗
將浸泡后的玻璃器皿放到洗滌劑水中，用軟毛刷反復刷洗。不要留死角，并防止破壞器皿表面的光潔度。將刷洗干凈的玻璃器皿洗凈、晾干，備浸酸。
3.浸酸
浸酸是將上述器皿浸泡到清潔液中，又稱酸液，通過酸液的強氧化作用細菌器皿表面的可能殘留物質。浸酸不應少于六小時，一般過夜或更長。放取器皿要小心。
4.沖洗
刷洗和浸酸后的細菌培養皿都必須用水充分沖洗，浸酸后器皿是否沖洗的干凈，直接影響到細胞培養的成敗。手工洗滌浸酸后的器皿，每件器皿至少要反復注水-倒空15次以上，細菌用重蒸水浸洗2-3次，晾干或烘干后包裝備用。
